第一部分：生产过程监测控制

规定了农作物、经济树木（包括干果、水果等）、食用菌、野生植物、畜禽（包括蜂、蚕等）、水产及其未加工产品的生态生产通用规定和要求。适用于农产品生态生产的全过程，主要包括：作物种植、食用菌栽培、畜禽养殖、水产养殖及其产品的生产、收获后处理、包装、贮藏和运输。

第二部分：加工质量安全保障

规定了生态农产品加工质量保障技术规范和要求。适用于以按生态农业产品生产过程监测控制生产的未加工产品为原料进行加工及包装、贮藏和运输的全过程，包括食品、饲料、工业原料和中药材。

第三部分：质量安全监控体系

规定了生态农业产品生产加工经营过程中的质量安全规范和要求。适用于生态农业产品生产、加工、经营者。

第四部分：标识使用规范管理

规定了生态农产品标识和规范管理规范及要求。适用于按生态农业产品生产过程控制和生态农业产品加工质量保障并获得评审认定的产品标识和规范管理。